Zaman penjajahan Eropah bermula apabila Portugis menawan Melaka pada tahun 1511. Pada tahun 1521, Ferdinand Magellan tiba di Cebu, Filipina dan menjadikan pulau itu sebahagian daripada empayar Sepanyol. Pada tahun 1565, keseluruhan Filipina jatuh ke tangan Sepanyol dan dinamakan Hindia Timur Sepanyol. Pada 1602, Syarikat Hindia Timur Belanda ditubuhkan dan pada tahun 1605, Ambon ditawan Belanda daripada tangan Portugis. Inggeris pula mula menapak di Nusantara apabila Sir Francis Light membuat perjanjian lisan dengan Sultan Kedah untuk mendapatkan Pulau Pinang. Belanda dan Inggeris kemudiannya bersaing untuk meluaskan pengaruh di Nusantara dan persaingan ini berhenti apabila Perjanjian Inggeris-Belanda 1824 dimaterai. Perjanjian ini dan juga penjajahan Sepanyol merupakan titik penting dalam sejarah bila mana Nusantara mula berpecah belah, daripada sebuah rantau yang bersatu kepada beberapa negeri mengikut penjajahnya.

1. Empayar Jepun/ Perang Dunia Kedua (1942 - 1945)